Deviņdesmitajos gados viņš bija iekšlietu ministrs Ivara Godmaņa un Guntara Krasta vadītajās valdībās. 1995. gadā Čevers izveidoja Demokrātisko partiju «Saimnieks» un startēja 6. Saeimas vēlēšanās. Tolaik prezidents Guntis Ulmanis uzticēja Čeveram veidot Ministru kabinetu, tomēr Saeima neizteica uzticību Čevera sastādītajai valdībai.
2002. gadā politiķis izveidoja jaunu Latvijas Brīvības partiju, kandidēja 8. Saeimas vēlēšanās, bet neveiksmīgi.
Čevers bija arī Rīgas domes deputāts un Rīgas domes bijušā priekšsēdētāja Gundara Bojāra ārštata padomnieks.
Pēdējos dzīves gados Ziedonis Čevers bija attālinājies no politiskās dzīves.